กระบวนการเคลียร์ศุลกากรนำเข้าส่งออกของประเทศไทยแบ่งออกเป็น 5 ขั้นตอนหลักดังนี้:
1. ส่งคำขออนุมัตินำเข้า (การเคลียร์ศุลกากรไทย การนำเข้าส่งออก )
ยื่นแบบคำขออนุมัตินำเข้า (แบบฟอร์มศุลกากร 99 หรือ 99/1) โดย手动หรือผ่านระบบ EDI
2. เตรียมเอกสารประกอบ
ตามข้อกำหนดของประกาศศุลกากรประเทศไทยที่ 38/2543 จำเป็นต้องเตรียมเอกสารประกอบดังนี้ B/L;
ใบแจ้งหนี้สามฉบับ;
รายการบรรจุภัณฑ์;
ใบแจ้งหนี้ค่าเบี้ยประกัน;
แบบฟอร์มการปล่อยของ (แบบฟอร์มศุลกากร 100/1 หรือ 469);
แบบฟอร์มรายการธุรกรรมต่างประเทศพร้อมมูลค่าการนำเข้าเกิน 500,000 บาท (หากจำเป็น);
ใบอนุญาตนำเข้า (หากจำเป็น);
ใบรับรองแหล่งที่มา (หากจำเป็น);
เอกสารที่เกี่ยวข้องอื่น ๆ เช่น แคตตาล็อก ข้อมูลจำเพาะของสินค้า ฯลฯ
3. ส่งแบบแสดงรายการศุลกากรและเอกสารประกอบเพื่อตรวจสอบ
แบบแสดงรายการนำเข้าและเอกสารประกอบทั้งหมดจะต้องยื่นที่ท่าเรือเข้าเพื่อให้เจ้าหน้าที่ศุลกากรตรวจสอบ เจ้าหน้าศุลกากรจะตรวจสอบว่ารายการที่แจ้งถูกต้องหรือไม่และแนบเอกสารประกอบที่จำเป็น;
นอกจากนี้ การคำนวณภาษีศุลกากรและการประเมินมูลค่าสินค้ายังได้รับการตรวจสอบในขั้นตอนนี้ด้วย
4. การเรียกเก็บภาษีและอากรนำเข้า
ขั้นตอนที่สี่คือการชำระภาษีและ/หรือเงินประกันที่เกี่ยวข้อง;
ปัจจุบัน มีวิธีการชำระภาษีและอากรนำเข้า 4 วิธี:
1. การชำระภาษีศุลกากร
ผู้นำเข้าชำระเงินที่แคชเชียร์ที่ท่าเรือเข้า ทางศุลกากรจะออกใบเสร็จรับเงินให้เพื่อตรวจสอบและปล่อยสินค้าที่คลังสินค้าที่เกี่ยวข้อง การชำระเงินสามารถทำได้ด้วยเงินสดหรือโดยบิล
ในกรณีการชำระเงินด้วยบิล ต้องออกในรูปแบบดังนี้สี่วิธี:
เช็คที่ออกโดยธนาคารแห่งประเทศไทย (BOT)
สลิปภาระหนี้
เช็คพร้อมการค้ำประกันร่วมกันจากธนาคาร
มันนี่ออเดอร์
2. การโอนเงินอิเล็กทรอนิกส์ผ่าน BAHTNET ของ BOT;
3. ขั้นตอนการชำระเงินอิเล็กทรอนิกส์ของธนาคารไทยกิง (ระบบชำระเงินเคาน์เตอร์เซอร์วิส)
กรมศุลกากรและธนาคารไทยกิงเริ่มเชื่อมต่อเมื่อวันที่ 1 กันยายน 2000 ผู้นำเข้าที่ใช้บริการนี้จำเป็นต้อง:
กรอกแบบฟอร์มภาษีที่แนบมากับประกาศศุลกากรที่ 77\/2543 เป็นสองชุด;
สาขาใดก็ได้ของธนาคารไทยกิ่งสามารถยื่นแบบฟอร์มพร้อมกับการชำระเงินเข้าบัญชีของกรมศุลกากร ธนาคารจะคืนสำเนาพร้อมหมายเลขยืนยันการชำระเงินให้กับผู้นำเข้า ค่าธรรมเนียมธนาคารสำหรับแต่ละครั้งคือ 30 บาท;
กรอกหมายเลขยืนยันการชำระเงินลงในหน้าแรกของแบบแสดงรายการการนำเข้า และยื่นแบบแสดงรายการต่อพนักงานเก็บเงินของศุลกากรเพื่อรับใบเสร็จรับเงินสำหรับการตรวจสอบและปล่อยสินค้า;
4. การโอนเงินอิเล็กทรอนิกส์ (EFT) ผ่าน EDI
ภายใต้ระบบอัตโนมัตินี้ การชำระเงินทางอิเล็กทรอนิกส์จะดำเนินการระหว่างผู้เสียภาษี (ผู้นำเข้า\/ส่งออก), ธนาคารตัวกลาง (ธนาคารของผู้นำเข้า\/ส่งออก), ธนาคารศุลกากร และกรมศุลกากร;
กระบวนการ EFT ผ่าน EDI มีดังนี้:
(1) ผู้เสียภาษีสั่งให้ธนาคารตัวกลางโอนเงินไปยังธนาคารศุลกากรโดยวิธีอิเล็กทรอนิกส์;
(2) หลังจากได้รับการอนุมัติการชำระเงินอิเล็กทรอนิกส์ ธนาคารตัวแทนจะกำหนดหมายเลขรายการให้กับผู้เสียภาษีเพื่อใช้เป็นข้อมูลอ้างอิง จากนั้นโอนเงินไปยังธนาคารศุลกากร;
(3) เมื่อได้รับการชำระเงินเต็มจำนวนผ่านระบบ EFT ธนาคารศุลกากรจะส่งข้อมูลการชำระเงินไปยังกรมศุลกากรทางอิเล็กทรอนิกส์ โดยอ้างอิงหมายเลขรายการเดียวกันที่ธนาคารตัวกลางให้ไว้กับผู้เสียภาษี;
(4) ผู้เสียภาษีอ้างอิงหมายเลขรายการที่ได้รับและส่งข้อมูลการชำระเงินของตนไปยังกรมศุลกากรทางอิเล็กทรอนิกส์;
(5) ระบบ EDI ของศุลกากรตรวจสอบข้อมูลการชำระเงินที่ได้รับจากผู้เสียภาษี/ผู้เสียภาษี และข้อมูลการชำระเงินที่ได้รับจากธนาคารศุลกากร และเปรียบเทียบกับคำชี้แจงที่ยื่น;
(6) หากข้อมูลทั้งหมดถูกต้อง ศุลกากรจะส่งข้อความอิเล็กทรอนิกส์ไปยังผู้เสียภาษีเพื่อแจ้งให้ไปรับใบเสร็จการชำระเงินสำหรับการตรวจสอบและปล่อยสินค้า;
5. การตรวจสอบและปล่อยสินค้า
ขั้นตอนสุดท้ายคือการตรวจสอบและปล่อยสินค้าภายใต้การกำกับดูแลของศุลกากร ผู้นำเข้านำเอกสารคำชี้แจงที่ได้รับการยืนยันและใบเสร็จรับเงินมาส่งที่คลังสินค้า จากนั้นเจ้าหน้าที่ศุลกากรจะตรวจสอบสินค้านำเข้าตามแบบฟอร์มคำชี้แจง หากสินค้าที่ตรวจสอบตรงกับแบบฟอร์มคำชี้แจง เจ้าหน้าที่ศุลกากรจะบันทึกผลการตรวจสอบลงในระบบคอมพิวเตอร์และปล่อยสินค้าให้กับผู้นำเข้า
อย่างไรก็ตาม กระบวนการตรวจสอบสินค้าในระบบแมนนวลแตกต่างจากในระบบ EDI สำหรับการเคลียร์ศุลกากรแบบแมนนวล สินค้าจะถูกตรวจสอบแบบสุ่มตามข้อกำหนดของกรมศุลกากร
6. เอกสารที่จำเป็นสำหรับการเคลียร์ศุลกากร
เอกสารต่อไปนี้ควรเตรียมไว้สำหรับการชำระภาษี:
1. ต้นฉบับและสำเนาของคำชี้แจงการนำเข้า;
2. แบบฟอร์มการปล่อยสินค้า;
3. ใบแจ้งหนี้;
4. รายการสินค้า;
5. บิลขนส่ง;
6. ใบแจ้งหนี้เบี้ยประกันภัย;
7. ใบอนุญาตนำเข้าสินค้านำเข้าที่ควบคุมตามที่กำหนดในศุลกากรไทย;
8. ใบรับรองถิ่นกำเนิดสินค้า (เมื่อขอสิทธิพิเศษทางภาษี);
9. เอกสารอื่น ๆ ใด ๆ เช่น ใบรับรองการจัดหมวดหมู่สินค้า;
10. หากสินค้านำเข้าขนส่งโดยเรือมากกว่าหนึ่งลำ ให้ยื่นตารางเวลาของเรือทั้งหมด;
11. ในกรณีขอคืนภาษี ให้ยื่นแบบแสดงรายการนำเข้าเพิ่มอีกหนึ่งชุด;
12. แบบลดหย่อนและยกเว้นภาษีของ BOI;
13. หากเกี่ยวข้องกับการส่งออกซ้ำ จะมีสองกรณี:
a. สินค้าอยู่ในเขตปลอดอากร:
แบบแสดงรายการศุลกากรสำหรับการส่งออกซ้ำจะถูกเลื่อนออกไป และจะต้องชำระภาษีในอัตรา 10% ของภาษี;
แบบแสดงรายการส่งออก;
สินค้าไม่อยู่ในเขตพื้นที่ศุลกากรพันธะ:
สำหรับการยื่นคำขอส่งออกหลังกำหนด ต้องชำระภาษีในอัตรา 90% ของอากร;
แบบแสดงรายการส่งออก;
14. เพื่อนำสินค้าออกจากเขตแปรรูปเพื่อส่งออก จำเป็นต้องมีเอกสารเพิ่มเติม:
a. สำหรับวัตถุดิบนำเข้า ต้องใช้แบบฟอร์ม GNO 02-1;
b. หากเครื่องจักร อุปกรณ์ เครื่องมือ และชิ้นส่วนของสินค้านำเข้าเหล่านี้ถูกใช้ในการผลิตและส่งออก ต้องใช้แบบฟอร์ม GNO 02-1 และ GNO 101.